Oddział Kardiochirurgii Dziecięcej Szpitala św. Wojciecha w Gdańsku jest wyposażony w specjalistyczną aparaturę medyczną przekazaną m.in. przez WOŚP, m. in. kardiomonitory, respiratory, łóżka szpitalne, ultrasonograf czy okulary chirurgiczne.
Na 16-łóżkowym oddziale mieszą się:
- 4 sale chorych 2-łóżkowe (2 – niemowlęce, 2 – dla starszych dzieci)
- 2 izolatki
- sala intensywnej terapii (6 łóżek) dostępna przez śluzę umywalkowo-fartuchową
- gabinet diagnostyczno-zabiegowy
- gabinet diagnostyczny
- dyżurki lekarskie
- pokoje pielęgniarskie
- pokój socjalny
- pokój rodziców
W Oddziale Kardiochirurgii Dzieciecej Szpitala im. Mikolaja Kopernika leczone sa kardiochirurgicznie i interwencyjnie dzieci oraz mlodziez do 18 roku zycia, z wrodzonymi wadami serca i wielkich naczyn.